ОАО «Ганзакомбанк» было зарегистрировано в марте 1992 года в Санкт-Петербурге как «Коммерческий банк «Ганзейский коммерческий банк». В июле 1994 года кредитная организация была преобразована в ТОО, а в декабре 1998 — в общество с ограниченной ответственностью. В октябре 2002 года банк был акционирован. Кредитная организация не является участником системы страхования вкладов.

На сегодняшний день основными бенефициарами банка являются член совета директоров Игорь Пичкалев (54,39%), председатель правления и член совета директоров Валерий Субханкулов (19,88%), а также Игорь Дубинский (16,66%).

Совет директоров: Руслан Сибилев (председатель), Игорь Пичкалев, Марина Пичкалева, Алексей Елисеев, Валерий Субханкулов, Вера Путина.