Банк создан в 1991 году в Красноярске. В 1999 году преобразован в закрытое акционерное общество. Основными учредителями банка выступили Совместное советско-американское предприятие «Сибчелендж», концерн «Бутэк» и Краевое управление Красноярской железной дороги. Среди первых акционеров банка помимо предприятий Красноярской железной дороги отмечаются местные хлебозавод и хладокомбинат, а также дочерняя фирма банка — «Авиатор».

В банк «Кедр» в конце 2006 года, «как в ведущий и перспективный банк Красноярского края», инвестировали ЕБРР и шведский инвестфонд East Capital, выкупив по 18,75% акций каждый. Однако в конце декабря 2011 годаЕБРР продал свой пакет Валентине Козуб (экс-председатель совета директоров Юникорбанка), владевшей ранее акциями пермского Камабанка, который в результате банкротства был присоединен к Восточному Экспресс Банку. Чуть позже этот пакет перешел во владение первого зампреда правления АБ «Пушкино» Павла Чернявского. Помимо этого, в январе 2012 года о своем выходе из капитала банка «Кедр» объявили East Capital, (продал свои 18,75% «дочке» Юникорбанка, лизинговой компании «Экстролизинг») и основной бенефициар «Кедра» Игорь Стернин (более чем 25%-й пакет которого был приобретен топ-менеджерами банка «Пушкино» Александром Кабановым и Кириллом Никулиным). В марте того же года из капитала КБ «Кедр» вышли Надежда Колофидина и ее дочь Галина Федорова. Их место заняли выходцы из того же банка «Пушкино» Алексей Алякин и Алексей Ращупкин. В сентябре 2012 года Экстролизинг вышла из состава акционеров учреждения. В начале 2013 года у банка произошла очередная смена акционеров, ушли Алексей Алякин, Николай Капшук и Алексей Ращупкин. В начале мая 2014 года появилась информация об изменении в составе акционеров кредитной организации. Согласно информации банка, владельцами 71,62% акций стали 8 юридических лиц, которые также входят в состав акционеров ОАО «Рост Банк». Конечными акционерами являются: Папаварнавас Софоклис, Параскеви Малтезоу (по 9,996%); А. Н. Золотых, А. Е. Бубенцов, В. В. Алексашина, Линда Маргерита А. Жульен, Е. А. Тарасова (по 9,84%); Димитрис Иоанну, Эирини Лутсиу (по 9,74%); А. Б. Кабанов (7,13%).

Решением ЦБ с 10 декабря 2014 года начинается санация КБ «Кедр», наряду с подконтрольными Рост Банку банками (ОАО «СКА-Банк», ТверьУниверсалБанк и ОАО «Аккобанк»), под управлением ОАО «Бинбанк». План мероприятий подразумевает получение владельцами Бинбанка контроля над всеми пятью банками.